Gracias a su enorme dedicación al estudio y su significativa contribución para el desarrollo de las ciencias sociales e históricas, el doctor Carlos Martínez Assad ha sido galardonado en múltiples ocasiones por reconocidas instituciones civiles y gubernamentales tanto nacionales como extranjeras a lo largo de sus más de cuarenta años de investigación. Entre las distinciones más destacadas de su carrera se encuentran:
La Presea Juchimán de plata, en el campo de la ciencia, otorgado por el gobierno del Estado y la Universidad Juárez Autónoma de Tabasco, 1985.
 Premio “Atanasio G. Saravia” de Historia Regional Mexicana, otorgado por Fomento Cultural BANAMEX en 1989.
 Distinción la Garza de plata de la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo en reconocimiento a su trayectoria académica, 1997.
 Premio Universidad Nacional en el Área de Investigación en Ciencias Sociales, 1997.
 Presea Vito Alessio Robles al Mérito Histórico otorgado por el Gobierno del Estado de Coahuila, la Secretaría de Educación Pública del Estado y el Centro Cultural Vito Alessio Robles, 2005
 Premio Ciudad Capital: Heberto Castillo Martínez en su edición de Educación, Ciencia y Sociedad Friedrich Katz en Educación, Ciencia y Sociedad, 2008.
 Medalla al Mérito Histórico “Capitán Alonso de León”, edición 2009, de la Sociedad Nuevoleonesa de Historia, Geografía y Estadística, Monterrey, Nuevo León, México, 13 de mayo de 2009.
 Acknowledgment Award de Notre Dame University Louaizé (Work on Lebanese migration subjects), Lebanon, 7 de Julio de 2010.
 Ariel al mejor largometraje documental de la Academia de Ciencias y Artes cinematográficas al filme La historia en la mirada (Documental de 90 minutos), Investigación histórica, identificación de imágenes y guión original, 2011.
 Premio Nacional de Artes Gráficas al libro La ciudad cosmopolita de los inmigrantes, 17 de mayo de 2011. 
 Premio Antonio García Cubas del Instituto de Antropología e Historia al libro coordinado conjuntamente con la doctora Alicia Ziccardi, 1910: La Universidad Nacional y Barrio Universitario, 22 de septiembre de 2011.
 Nombramiento de Investigador Emérito de la Universidad Nacional Autónoma de México y el sistema Nacional de Investigadores, 2012.
 Premio Salvador Azuela a la trayectoria en investigación Histórica sobre la Revolución Mexicana, México, Noviembre de 2012.
 Premio Nacional de Ciencias y Artes 2013, México, Diciembre de 2013Cátedra de Estudios Regionales “Dr. Carlos Martínez Assad” en El Colegio del Estado de Hidalgo, Pachuca, México, 28 de mayo de 2014.